Il 15 novembre del 1990 si è tenuta la prima lezione all’Università di Foggia e il 12 gennaio 1991 si svolse l’inaugurazione dell’anno accademico dell’Università di Bari nella sede decentrata di Foggia, con l’intervento dell’allora Ministro per l’Università Antonio Ruberti.
Nell’anno accademico 1993/94 si è inaugurato il Corso di Laurea in Medicina e chirurgia della sede foggiana.
L’Università degli Studi di Foggia è nata ufficialmente con il Decreto Ministeriale del 5 agosto del 1999. Alle Facoltà di Agraria, Economia, Giurisprudenza, Lettere e Medicina e chirurgia, si aggiunge, nel 2008, la Facoltà di Scienze della formazione.
In seguito alla legge sul riordino del sistema universitario, il nuovo statuto di Ateneo, entrato in vigore il 15 giugno 2012, ha sancito la sostituzione delle sei Facoltà con gli attuali Dipartimenti, tra cui quello di Scienze Mediche e Chirurgiche e di Medicina Clinica e Sperimentale.
Concepita inizialmente solo per ospitare i laboratori, la nuova sede del Polo Biomedico è stata successivamente adattata per prevedere anche aule, studi e uffici. L’edificio, architettonicamente innovativo, articolato in tre blocchi collegati da ponti aerei ai piani primo e secondo, si sviluppa su di una superficie complessiva di circa mq 10.800 distribuita su cinque livelli (un piano seminterrato, un piano rialzato e tre piani fuori terra) e contiene 47 laboratori (didattici, scientifici e informatici), 68 studi e uffici, 18 aule di diversa dimensione con una capienza complessiva di oltre 700 posti a sedere, locali accessori (depositi, locali frigo, locali tecnici, sala destinata a mensa, ecc.), uno stabulario e la biblioteca.
Il 5 marzo 2010 è stata organizzata la cerimonia di posa della prima pietra, mentre i lavori sono terminati il 31 luglio 2013.
Il Polo Biomedico, intitolato al prof. Emanuele Altomare, primo Preside della Facoltà di Medicina e Chirurgia Unifg, è stato inaugurato il 20 settembre 2013 alla presenza dell’allora Presidente della Camera dei deputati on. Laura Boldrini, durante un evento patrocinato dalla Regione Puglia, dal Comune e dalla Provincia di Foggia e sostenuto dalla Fondazione Apulia Felix e dall'Azienda Ospedaliera universitaria OO.RR. di Foggia.
Oltre al Polo Biomedico “Emanuele Altomare”, i Dipartimenti di Area Medica si avvolgono, per lo svolgimento delle attività didattiche e culturali, dell’aula Turtur con una capienza di 130 posti e delle aule 1 e 2 dell’ex Facoltà di Medicina capaci di ospitare, rispettivamente, 120 e 80 persone e inaugurate il 26 settembre 2017 con una mostra del fotografo naturalista Giovanni Fiorentino.
Il giardino del Polo Biomedico ospita, come tutti gli altri Dipartimenti Unifg, la Panchina Letteraria, opera in pietra a forma di libro realizzata grazie alla sinergia tra tre Istituzioni: ideate dall’Università di Foggia, finanziate dalla Fondazione dei Monti Uniti di Foggia e decorate da quattro studenti dell’Accademia di Belle Arti di Foggia. L’intervento pittorico della panchina di Area Medica è ispirata a romanzo “Il conto delle minne” di Giuseppina Torregrossa.
"Una volta all'anno, il cinque febbraio, tornavo a far visita a miei parenti, in una sorta di pellegrinaggio votivo tra quel che restava della mia famiglia. Nonno Alfonso, prima di andarsene, aveva fatto in tempo ad assistere alla mia laurea, era orgoglioso di me già da quando ero piccola, ma ora che facevo il suo stesso mestiere era tutta un'altra musica. Negli ultimi anni della sua vita mi accoglieva tronfio nel suo ambulatorio, dove ha lavorato fino alla fine. Avevo il permesso di assisterlo solo quando visitava le femmine."
Le panchine sono realizzate in pietra ricostruita con finitura levigata e sono state create per l’Università di Foggia a forma di libro, da Manufatti Viscio di Apricena, località alle porte del Gargano rinomata per le sue cave di pietra.
La Panchina Letteraria di Area Medica è stata decorata da Francesco Leone e Francesco Tomaiuolo, artisti-studenti dell'Accademia di Belle Arti di Foggia.